O jogo se passa durante o final do século XIII, quando um general ardiloso chamado Khotun Khan lidera a invasão do exército mongol à ilha de Tsushima, no Japão, em 1274. O samurai Jin Sakai e seu tio resistem ao ataque inicial, mas são derrotados pela violência e táticas desonradas do inimigo, o que leva a ferimentos graves de Jin e à captura de seu tio. Ao se recuperar, o samurai precisa enfrentar novamente o exército mongol, mas com a opção de usar táticas furtivas consideradas vergonhosas, mas que podem garantir sua vitória e vingança. A gameplay incorpora belos duelos de espada com vários estilos de luta, assim como trechos em que Jin precisa usar as sombras para eliminar oponentes.
