Ambos os protagonistas têm uma história plenamente desenvolvida e interconectada, e o jogador tem a oportunidade de decidir, em diferentes momentos, com qual deseja jogar. Ambos os personagens podem jogar uma mesma missão, dependendo se o jogador deseja uma abordagem mais centrada em combate ou ação furtiva. Por se tratar, também, de um período de urbanização do Japão, os cenários são preenchidos por portos movimentados, cidades-castelos e distritos populares que sofrem com a repressão dos daimyou (poderosos senhores de terra) e seus oficiais.